Одјељење за нематеријалну културу
Одјељење чува живу традицију и изразе који представљају срце културе. Истражује, документује и чува нематеријална блага - од ритма музике и мудрости говорног језика до ситних детаља старих заната. Кроз стручну експертизу и брижљиво прикупљање, залаже се за њихову заштиту, осигуравајући да ово културно насљеђе настави да обогаћује будуће генерације.
Одјељење за материјалну културу
Одјељење проводи систематска истраживања, евидентира, предлаже и утврђује статус покретних културних добара. Бави се прикупљањем, организацијом, чувањем, стручном и научном обрадом музејског материјала добијеног теренским истраживањима, ископавањима, куповином, донацијама, насљеђивањем, размјеном, оставштином и копирањем. Одјељење је такође задужено за систематско организовање, чување и заштиту стручне и научне документације о музејском материјалу и покретним културним добрима, као и за објављивање резултата стручног и научног рада. Активности одјељења обухватају и излагање и тумачење музејског материјала у сталној поставци и тематским изложбама, с циљем унапређења образовања и културе.
Одјељење за библиотечку и издавачку дјелатност.
Одјељење за библиотечку и издавачку дјелатност обавља послове систематске набавке научне и стручне литературе из музеологије и других научних дисциплина заступљених у Музеју, прије свега за потребе стручних радника Музеја Републике Српске. Такође се стара о размјени литературе, књига, каталога и свих публикација са сродним музејским установама у земљи и иностранству. У надлежности Одјељења је и заштита старих и ријетких књига које, у складу са законом, имају статус културног добра и музејске грађе. Поред тога, Одјељење обавља послове издавачке дјелатности - уређивања, дизајна и штампе музејских издања.
Одјељење за конзервацију и рестаурацију
Одјељење за конзервацију и рестаурацију бави се очувањем и обновом покретних културних добара и музејске грађе од различитих материјала - метала, керамике, камена, кости, текстила, дрвета и других. У Одјељењу се врше испитивања културних добара и музејске грађе: њиховог састава, техника израде, стања предмета и узрока њиховог пропадања.
Одјељење за документацију и дигитализацију
Одјељење за документацију и дигитализацију обавља послове вођења евиденције о културним добрима и документације о музејској грађи, као и Регистра културних добара Музеја Републике Српске и Централног регистра културних добара за оне врсте културних добара за које је законом утврђена надлежност Музеја Републике Српске.
Одјељење за образовно-педагошки рад, комуникације и односе с јавношћу
Одјељење за образовно-педагошки рад, комуникације и односе с јавношћу задужено је за комуникацију с јавношћу и организацију различитих садржаја у оквиру Музеја Републике Српске. Бави се припремом и реализацијом посјета изложбама, као и организовањем манифестација, радионица, семинара, предавања и других видова образовно-педагошког програма.
Одјељење за заједничке послове
Одјељење за заједничке послове обавља опште, управно-правне, административне и кадровске послове за потребе Музеја. Надлежност одјељења обухвата финансијске, рачуноводствене, материјалне, обрачунске и благајничке послове, као и набавке, евиденције о основним средствима, инвентару и имовини Музеја. Одјељење такође одржава техничку исправност објекта, инсталација и инвентара, обезбјеђује транспорт музејске грађе и других вриједности на територији Републике Српске, Босне и Херцеговине, као и у иностранству. Дјелатност одјељења обухвата и промоцију Музеја и његових активности путем медија и на тржишту идеја и услуга, маркетиншке послове те продају музејских издања и сувенира.